داستان Supreme Commander 2 حدود 25 سال بعد از پايان اتفاقات پيش آمده در نسخه‌ی اول به وقوع می‌پيوندد؛ زمانی که صلح ميان سه ملت United Earth ،Aeon و Cybran پس از قتل مشکوک رئيس جمهور منتخبشان شکسته شده و به همين واسطه جنگی ديگر ميان آنها آغاز می‌شود. شما می‌توانيد به عنوان فرماندهان اصلی يکی از اين 3 ملت به انجام مراحل متعدد بازی بپردازيد.